Продукти

Аналіз подій фосфорилювання в протеомі все ще є серйозною аналітичною проблемою через величезну складність мереж фосфорилювання білка.У цій роботі ми оцінюємо комплементарність Lys-N, Lys-C і трипсину щодо їхньої здатності робити внесок у глобальний аналіз фосфопротеому.Удосконалена версія сильного катіонного обміну з низьким рН була використана для ефективного розділення N-кінцевих ацетильованих, фосфорильованих і немодифікованих пептидів.Загалом 5036 ненадлишкових фосфопептидів можна було ідентифікувати з частотою помилкового виявлення <1% з 1 мг білка за допомогою комбінації трьох ферментів.Наші дані показали, що збіг між наборами даних фосфопептидів, створених різними протеазами, був незначним, тоді як було виявлено, що збіг між двома схожими наборами даних триптиків принаймні в 4 рази вищий.Таким чином, паралельне використання Lys-N і трипсину дозволило збільшити кількість виявлених фосфопептидів на 72% порівняно з використанням лише трипсину, тоді як повторний експеримент із трипсином призвів до збільшення лише на 25%.Таким чином, зосереджуючись виключно на даних трипсину та Lys-N, ми ідентифікували 4671 ненадлишковий фосфопептид.Подальший аналіз виявлених сайтів показав, що набори даних Lys-N і трипсину були збагачені суттєво різними мотивами фосфорилювання, що є додатковим доказом того, що мультипротеазні підходи є дуже цінними в аналізі фосфопротеомів.