Продукти

Нещодавно ми повідомляли, що піреновий нуклеотид переважно вставляється навпроти абазичного сайту, 3'-T димеру тиміну та більшості непошкоджених основ дріжджовою ДНК-полімеразою eta (pol eta).Оскільки пірен є неполярною молекулою без здатності до H-зв’язування, надзвичайно висока ефективність введення dPMP пояснюється його чудовою здатністю до укладання основ і підкреслює важливість укладання основ у виборі нуклеотидів методом pol eta.Щоб дослідити роль H-зв’язку та геометрії пари основ у виборі нуклеотидів за допомогою pol eta, ми визначили ефективність вставки модифікованих основами нуклеотидів 2,6-діамінопурину, 2-амінопурину, 6-хлоропурину та інозину, які б створіть різну кількість Н-зв’язків із основою шаблону залежно від геометрії пари основ.Схоже, спаровування основ Уотсона-Кріка відіграє важливу роль у виборі нуклеотидних аналогів для вставки навпроти C і T, про що свідчить зниження відносної ефективності вставки зі зменшенням кількості Н-зв’язків Уотсона-Кріка та збільшенням кількість донорно-донорних і акцепторно-акцепторних взаємодій.Селективність нуклеотидної вставки більша навпроти 5'-T, ніж 3'-T димеру тиміну, згідно з попередньою роботою, яка передбачає, що 5'-T утримується більш жорстко, ніж 3'-T.Крім того, вставка A навпроти обох Ts димеру, здається, опосередкована спаровуванням основ Уотсона-Кріка, а не спаровуванням основ Хугстіна на основі майже однакової ефективності введення A та 7-деаза-A, останнього з яких не має H- можливість склеювання на N7.Відносна ефективність вставки нуклеотидів, які можуть утворювати пари основ Вотсона-Кріка, паралельна такій для фрагмента Кленова, тоді як фрагмент Кленова сильніше розрізняє невідповідності відповідно до його більшої вибірковості форми.Ці результати підкреслюють важливість Н-зв’язку та геометрії пар основ Уотсона-Кріка у виборі нуклеотидів як за допомогою pol eta, так і фрагмента Кленова, а також меншу роль вибору форми при вставці за допомогою pol eta через його більш відкриту та меншу обмежений активний сайт.