Продукти

Медикаментозне ураження печінки є однією з основних причин медикаментозного виснаження.Здатність передбачити вплив препаратів-кандидатів на печінку за їхніми хімічними структурами має вирішальне значення для спрямування експериментальних проектів із відкриття ліків у бік безпечніших ліків.У цьому дослідженні ми зібрали набір даних із 951 сполуки, які, як повідомляється, спричиняють широкий спектр ефектів у печінці різних видів, включаючи людей, гризунів і негризунів.Ефекти печінки для цього набору даних були отримані як твердження метаданих, згенерованих з рефератів MEDLINE з використанням унікальної комбінації лексичних і лінгвістичних методів і онтологічних правил.Ми проаналізували цей набір даних за допомогою звичайних підходів хімікоінформатики та розглянули декілька питань, що стосуються міжвидової узгодженості впливу на печінку, хімічних детермінант впливу на печінку у людей та прогнозу того, чи може дана сполука викликати вплив на печінку у людей.Ми виявили, що узгодженість впливу на печінку була відносно низькою (приблизно 39-44%) між різними видами, що підвищує ймовірність того, що видова специфічність може залежати від специфічних особливостей хімічної структури.Сполуки були кластеризовані за їхньою хімічною подібністю, і подібні сполуки досліджувалися на предмет очікуваної подібності їхніх профілів впливу на печінку залежно від виду.У більшості випадків подібні профілі спостерігалися для членів того самого кластера, але деякі сполуки виглядали як викиди.Викиди були предметом цілеспрямованої регенерації тверджень від MEDLINE, а також інших джерел даних.У деяких випадках були виявлені додаткові біологічні твердження, які відповідали очікуванням, заснованим на хімічній подібності сполук.Твердження були далі перетворені в двійкові анотації основних хімічних речовин (тобто вплив на печінку проти відсутності впливу на печінку), а також були створені двійкові моделі кількісного співвідношення структура-активність (QSAR), щоб передбачити, чи очікується, що сполука спричинить вплив на печінку у людей.Незважаючи на очевидну неоднорідність даних, моделі продемонстрували хорошу прогностичну силу, оцінену зовнішніми процедурами 5-кратної перехресної перевірки.Зовнішня прогностична сила бінарних моделей QSAR була додатково підтверджена їх застосуванням до сполук, які були знайдені або вивчені після розробки моделі.Наскільки нам відомо, це перше дослідження для прогнозування хімічної токсичності, яке застосовувало моделювання QSAR та інші методи хімікоінформатики до даних спостережень, отриманих за допомогою засобів автоматизованого аналізу тексту з обмеженим ручним керуванням, що відкриває нові можливості для створення та моделювання хімічної токсикології. даних.